Como não bugar o Crystal.

Bugar randomicamente é difícil. Geralmente quando buga é por que alguma coisa você fez. Geralmente, o bug randomico mais hard que você vai achar são uns freezadas, mais geralmente aparecem em rom's corrompidas ou em emuladores mal configurados. Se for jogar em emulador é só dar save states constantes. Eu jogo crystal no celular, e as vezes dá umas freezadas, mais depois de uns 20 segundos volta ao normal. Experiência própria.

Se você for jogar com cartucho, é possível que tenha alguns problemas com jogos salvos, já que a bateria desses jogos não têm muitos anos de vida útil, embora alguns cartuchos ainda funcionem perfeitamente depois de todo esse tempo.

Em emulador, não se preocupe... se você jogar normalmente, não terá nenhum problema, a não ser talvez por questões técnicas (mas você já deve conhecer emuladores que rodem jogos de GB/GBC/GBA sem nenhum problema). Já fiz de quase tudo com GSC, até usei TGB Dual para conseguir espécies como Gengar e Golem por troca, e nunca enfrentei nenhum problema.

Em RBY, no entanto, pode acontecer do seu jogo funcionar de forma não usual, mesmo que você não vá atrás de bugs.