Como trocar pokémons?

Eu comecei a jogar pokemon Ruby pelo VBA Link. Eu fiz tudo que o tutorial no site manda e até aí tudo bem.
Então eu tou com as duas janelas abertas, eu vou no centro pokémon, falo com a mulher no balcão de trocas, ela manda salvar o jogo e depois aguardar. Eu aguardo dez minutos e nada, vou na outra janela e faço a mesma coisa e dá no mmesmo resultado.
Alguém pode me dizer, por favor como devo proceder nesta situação?

Você tem q ir em options e desmarcar o "pause when inactive window" ;D