Sinopse do 12º Filme

Continuando em sua jornada, Ash e seus amigos chegam à Michiina, uma cidade à beira de um rio e cercada por uma natureza florescente. Nesta cidade, existem incontáveis ruínas de um templo e Ash e Cia começam a ir em direção às ruínas que estão no topo de uma enorme montanha. Chegando ao topo, eles se deparam com um belo lago ao lado das ruínas históricas. De repente, enquanto admiravam o lago, ondas começam a se agitar e formam um ciclone dentro d'água. O ciclone vai na direção de Ash e Cia e quando parece que está quase pegando-os, uma garota surge voando e grita: "Dialga, por favor!". Eis que Dialga aparece!

O nome da mulher é Sheena e ela é a guardiã das ruínas. Ela explica que possui a habilidade de se comunicar com os Pokémons e com os corações das pessoas. Sheena convida Ash e seus amigos para entrarem nas ruínas e explica a eles sobre as "Leis do Tempo e Espaço" usadas por Dialga, Palkia e a dimensão de Giratina. Então, ela começa a contar a antiga lenda da cidade de Michiina. Tudo começou há muito tempo atrás, quando o ilusionário Pokémon Arceus - que é dito como o criador de tudo - se jogou contra um meteorito e salvou muitos Pokémons.

Arceus desmaiou como resultado da sua colisão com o meteorito. Isto aconteceu porque o choque do impacto fez com que ele perdesse seus 16 poços de vida ("Plates" nos jogos). Um homem chamado Damos achou os 16 poços perdidos e entregou-os a Arceus. Recuperado e agradecido pela ajuda, Arceus fez a Jóia da Vida (Life Jewel) para mostrar sua gratidão a Damos, tendo os poderes da Água, Grama, Terra, Trovão e Dragão vindos dos poços de vida de seu próprio corpo.

Pensando no solo de Michiina, que era muito pobre, ele emprestou a jóia para Damos. Então, Damos fez do solo arruinado de Michiina, um solo rico, graças à canalização de Arceus, que fez com que o solo transbordasse energia.

No entanto, desde que a Jóia da Vida foi "emprestada", um pacto foi feito entre Damos e Arceus. "Até o dia em que o sol se extinguir". Isto significava que Damos deveria devolver a Jóia da Vida a Arceus na data do próximo eclipse solar. Finalmente o dia do acordo chegou e agora a Jóia da Vida deve retornar para Arceus...

Arceus volta para pegar a Jóia da Vida. No entanto, Damos usa seus Pokémons para atacar Arceus. Damos não devolve a Jóia da Vida e acaba traindo Arceus. Muito tempo depois, Arceus desperta de seu sono profundo. "A hora do julgamento chegou!" Arceus ataca a cidade com seu golpe Judgment (Julgamento).

Explosões e muita fumaça engolem a cidade de Michiina. "Estou devolvendo isto para você", diz Sheena, que é descendente de Damos, segurando a Jóia da Vida. No entanto, Arceus grita "Isto é falso" e esmaga o objeto.

"Eu não serei enganados por vocês humanos de novo", diz Arceus, disparando ondas de choque na direção de Sheena. No próximo instante, uma divisão no espaço se abre e Dialga e Palkia aparecem, bloqueando as ondas de choque. Sheena e Ash são derrubados pelo sopro do golpe...

Qual será o resultado desta batalha com o Deus Pokémon? Teremos que aguardar pelo final da trilogia!